任天堂已经确认，《塞尔达：时之笛 重制版》由旗下EPD第三制作组负责开发。该团队此前曾参与制作《塞尔达传说：旷野之息》和《塞尔达传说：王国之泪》。这一消息来自任天堂于11月2日发布的《开发者访谈》第24期前两章，距离游戏正式发售仅剩三天。
本作由HokWai Ng担任导演，这也是他首次主导任天堂游戏项目。Ng于2006年以策划人员的身份加入任天堂，此后参与了《王国之泪》的游戏设计工作。《塞尔达传说》系列制作人青沼英二与《旷野之息》《王国之泪》导演藤林秀麿共同担任本作制作人。
美术总监Aya Shida此前参与过《皮克敏3》《马力欧赛车8豪华版》和《王国之泪》的开发。程序总监Hiroki Taguchi则曾参与《旷野之息》的制作。音乐负责人兼音效总监之一的Masato Ohashi，此前参与过《集合啦！动物森友会》和《斯普拉遁3》扩展季票的开发。
青沼英二表示，决定重新制作这款游戏，部分原因也与开发团队的人员构成有关。他指出，目前与自己合作的许多开发者，只经历过近年来的《塞尔达传说》作品，因此未必能够真正理解1998年原版《时之笛》对整个系列意味着什么。在他看来，从头开始重制游戏，能够让年轻开发者深入了解原作的结构和开发方式，并将这些经验运用到未来的《塞尔达传说》作品中。此外，系列即将迎来40周年，也是推动此次重制的原因之一。
青沼英二表示，他几乎给予开发团队充分的自主权，允许他们根据需要修改游戏中的任何内容。不过，最终游戏的改动幅度之小，还是让他感到意外。
他认为，《时之笛》的魅力在于其精心安排的冒险节奏：游戏会循序渐进地提升玩家的操作能力，同时逐步引导玩家理解故事。任天堂希望，让已经习惯于在《旷野之息》中从一开始就自由选择探索路线的玩家，也能体验这种更加线性、循序渐进的游戏结构。
在接受法新社采访时，青沼英二还特别提到了年轻开发者的贡献。其中一些成员此前甚至从未玩过原版《时之笛》，但他们从现代玩家的角度出发，帮助团队决定如何让这款经典作品适应当下的游戏环境。
任天堂表示，本次访谈的前两章主要介绍了Switch2重制版如何继承N64原版的设计理念、开发团队如何努力保留原作体验，以及重制版的美术方向。第二章的标题为《画面可以改变，但游戏体验不会改变》。第三章和第四章预计将于11月3日公布。
此次访谈也终于解开了外界数月以来关于游戏开发团队的猜测。今年9月，挪威零售商Elkjop曾在商品页面上将Monolith Soft列为本作开发商，让不少人认为这家曾协助EPD制作近年来多部《塞尔达传说》作品的工作室将负责此次重制。
另一些玩家则猜测，开发工作可能交给Grezzo。这家工作室曾负责2011年3DS版《时之笛3D》，之后还开发了《姆吉拉的假面3D》、2019年推出的《塞尔达传说：织梦岛》重制版，以及2024年的《智慧的再现》。
原版《塞尔达传说：时之笛》由任天堂EAD开发，于1998年登陆Nintendo 64，是系列首款采用3D画面的作品。此次Switch2版是该作第二次推出完整重制版，此前一次是登陆Nintendo 3DS的《时之笛3D》。